由于活佛转世降生到了凡人家中，需要通过寺院派人去寻访才能找到。访到的儿童经认定后，称为“转世灵童”，举行坐床仪式后，始称为“活佛”。在如何寻访和认定灵童方面，藏传佛教逐渐演变出了一套极为神秘的程序和仪轨。
转世活佛的等级不同，寻访和认定灵童的程序和仪轨也有繁简之别。全套的程序和仪轨，主要包括预示、占ト、降神、观湖、推断、寻访、宿通、认定等步骤。特殊情况下，也可以不通过这些程序和仪轨，由世俗统治者单独或与宗教统治者共同直接指定大活佛的转世灵童。
预示:转世程序首先要研究活佛的遗嘱或暗示。有的活佛圆寂前，明确预示自己将在何方再次降生。三世班禅罗桑丹珠圆寂前，也曾向大弟子克珠桑结益希提示，他将很快在拜哇地方降生。也有的活佛以暗示的方式给予预示。六世达赖写过一首诗:“请求白色仙鹤，借我凌空双翼;并不高飞远走，理塘一转就回。”人们认为，这是暗示他将在理塘转世。占ト、降神、观湖:对那些没有留下遗嘱或其他预示的活佛，就有必要进行占ト、降神和观湖。格鲁派采用活佛转世制度后，普遍将占卜作为仪轨的一环。年，摄政热振活佛由占ト确定九世班禅已转世在东方。
三世达赖圆寂时，其弟子在他住所的屋顶上点燃烟火，观察烟飘的方向，用烟ト方式确定灵童将在东北方降生。从五世达赖开始，出现了专门从事降神的护法喇嘛，称为“垂仲”。清代正式确定了西藏的四大护法寺:一是乃穷寺，二是拉穆寺，三是噶东寺，四是桑耶寺。每个寺里的专职护法称为“古甸巴”，意为“神师”，即垂仲。凡大活佛转世，都要请法降神。十二世达赖圆寂后，噶厦政府请桑耶寺的垂仲降神，
指示灵童在东南方向转世。加查的拉姆拉错被认为是观相之神湖，据说此湖能够显现出灵童及其家乡的影像。十三世达赖圆寂后，热振活佛前往神湖观相，从显影中看到一家农户，在路的尽头，门前有一株柳树，门旁拴着一匹白马，树下站着一个怀抱小孩的女人。热振活佛命人将自己所见详细画出，然后按图寻访到了转世灵童。
推断:根据预示、占ト、降神、观湖等环节所获得的信思，一般能推断出灵童家乡所在的方位、地貌、特殊标志和家庭情况;还能推算出灵童的属相、年、生辰、生理特征等。由此決定何时开始寻访，去哪寻访。
寻访:藏传佛教认为，活佛转世距活佛圆寂大约一年时间，也有两三年的，但最长不超过七年。做出号访决定后，寺院就派人朝推断的方向分几路去秘密寻访灵童。凡达喇嘛、班禅大师等大活佛转世，在寻访前，先要举行仪式、诵经祷。参与号访的，除了主持寻访的高僧活佛外，还有平时随侍前世活佛的人，少则几人，多则数百人。
宿通:宿通指能够回忆前生之事、认出前生熟悉的人与物的能力。试宿通能力是认定灵童的一个重要步骤。藏传佛教认为，灵童能够认出自己前世用过的物品，记得自己前世诵过的经典，认识自己前世接触过的人。四世达赖云丹嘉措为灵童时，自称是前世达赖，辨物时准确地挑出了三世达赖的乘马、念珠和经书。七世达赖年经德格去青海，一些认识六世达赖的人来拜访他，他对待他们像以前就认识一样。
以上这些步骤，其实都与古老的巫术有关。寻访和认定灵童的程序和仪轨，充满苯教和民间宗教的观念和形式，容易为雪域信众所接受。印度佛教、汉传佛教和南传佛教都没有转世制度，唯独藏传佛教产生了活佛转世制度，无疑是与古老的苯教和民间宗教在西藏盛行有关。
虽然有了一套完整且比较规范的寻访和认定灵童的程序和仪轨，但这并不能杜绝一些人为了自己的利益，操纵灵童的寻访和认定，以使灵童出于自己的家族。元明两朝，大活佛的转世灵童多出自王公贵族、宗教上层的族属亲。
清朝政府为了革除弊端，加强对活佛转世过程的控制，于年颁布《钦定藏内善后章程》二十九条，创建了金瓶签制度。
瓶制度规定，大皇帝为求黄教兴隆，特赐一金瓶，今后遇到寻找活佛灵童时，邀集四大护法，将灵童名字及出生年月，用满、汉、藏三种文字写于牙签牌上，放进瓶内，选派有学问的活佛，祈祷七日，然后由众呼图克图会同驻藏大臣在大昭寺释迦牟尼佛像前正式抽签认定。
金瓶掣签制度，完善了藏传佛教的活佛转世制度。此后，驻藏大臣、寻访灵童负责人要将掣签所得灵童的情况报告中央政府，经中央政府批准后才能举行坐床典礼。为此，清朝特制了两个掣签金瓶
个用于达赖、班禅转世灵童的认定，存放于大昭寺(后移至布达拉宫);另一个用于确认蒙藏大活佛、呼图克图的转世灵童，存放于北京雍和宫。如果仅有一名灵童候选人时，也可经中央政府同意，免予望签，直接认定。金瓶掣签制度正式设立后，有一条规则在西藏得到默认，即达赖喇嘛必须来自卑微阶层，不得具有强大的贵族家庭背景。自清王朝至民国的多年间，仅西藏一地，就有格鲁、噶举、宁玛三派的39个活佛转世系统的70余名大活佛通过金瓶掣签认定。中华人民共和国成立后，第一个用金瓶掣签认定的是十世班禅的转世灵童。
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